Входим на сервер
1. Входим на сервер. SSH.
Первые шаги (apt-get)
2. Первым делом стоит сделать apt-get update - пояснение ниже.
В Debian/Ubuntu система портов устроена на основе apt-get.

Простейшие команды apt-get - это:

apt-get update - обновляет список доступных для установки файлов с удаленного сервера.
apt-get install что-либо - устанавливает заданную программу
apt-get remove что-либо - удаляет заданную программу.
man apt-get - помощь по системе портов apt-get (на англ.)
Может возникнуть такая ошибка при выводе команды apt-get update:

Установка важного пакета (build-essential)
3. Следующим шагом является обязательная установка build-essential: apt-get install build-essential - Данное установит такие пакеты как: gcc, g++, make, perl, patch и иные.
Ставим FTP сервер
4. Начнем с установки легкого FTP сервера на ваш VDS. Все быстро легко и просто. Установим такой FTP сервис, который не будет приносить нам головной боли в будущем - vsftpd. Его преимущество в том, что логин и пароль к SSH (root и др) идентичными логину и паролю на FTP. Установка описана здесь: Установка vsftpd

Дополнительные установки
5. Установим некоторые необходимые пакеты, если таковые уже не установлены:
apt-get install mc
apt-get install tcl8.5 tcl8.5-dev
apt-get install openssl libssl-dev
apt-get install libncurses5-dev
apt-get install ftp
apt-get install telnet
apt-get install traceroute
apt-get install nmap
Далее можете установить любые пакеты по желанию. если знакомы с данной процедурой.
Заходим на сервер через FTP/SSH (WinSCP)
6. Заходим на сервер через Нортон-коммандер-подобную среду используя или FTP или SSH. Это позволит Вам закинуть любой файл на ваш сервер. В списке File Protocol выбираем или FTP или SFTP (SSH). Логин root и соответственно пароль от этого пользователя. Подробнее по входу на сервер здесь: WinSCP

Устанавливаем временную зону на сервере
7. Некоторым людям для использования того или иного софта необходимо работать не только с точным временем, но и с определенными временными зонами. Например Москва, Европа или MSK и MSD. По дефолту время на сервере устновлено в UTC. Чтобы сменить его на желаемое или необходимое, следуйте данным инструкциям: Установка временной зоны

Добавляем нового пользователя
8. Во благо избежания проблем с удалением важных файлов на сервере, рекомендуем Вам создать пользователя, под которым вы сможете производить все неободимые операции. Стоит заметить что некоторые программы не нуждаются в правах суперпользователя root для запуска, установки и даже удаления. Создать пользователя очень легко.

Изменение пользователя происходит также просто:

nano /etc/ssh/sshd_config
Надите строку (почти в самом начале):

Port 22
Смените число 22 на любое которое вам нравится до бесконечности (желательно, не более 65535). Перезапустите ssh:

/etc/init.d/ssh restart
Настоятельно рекомендуем выполнить все рекомендации из статьи выше.